Principalement ciblés pour ses habitats marins, oiseaux marins (migrateurs et nicheurs) et mammifères marins, le site de Chausey concentre de nombreux enjeux naturels d’intérêt communautaire justifiant sa désignation en sites Natura 2000 (ZSC et ZPS). La partie marine de ces deux sites, largement prédominante, s’étend jusqu’aux sites Natura 2000 « baie du Mont-Saint-Michel » et jusqu’au zéro des cartes marines proche des sites ZPS « Havre de la Sienne » et ZSC « Littoral Ouest du Cotentin de Bréhal à Pirou ». Les sites Natura 2000 de Chausey se situent dans le golfe normand-breton, vaste zone marine entre la Normandie et la Bretagne Nord, face aux départements de la Manche et de l’Ille-et-Vilaine.
Les îles Chausey forment un archipel d'environ 5000 ha à 9 milles nautiques de Granville (environ 17 kms) et 15 milles nautiques de Saint-Malo (28 kms). Elles sont rattachées administrativement à la ville de Granville depuis 1804. L'archipel se caractérise par un marnage (différence de hauteur entre la marée haute et la marée basse) qui peut atteindre 15 mètres, ce qui explique la variété des paysages du site selon les périodes où il est fréquenté.
On compte au total 150 îles et îlots éparpillés dont certains ne découvrent qu'à marée basse. L'estran (zone de balancement des marées) couvre environ 1800 hectares dont 1000 sont constitués de substrats meubles.
Les îles Chausey sont un formidable réservoir biologique pour de très nombreuses espèces animales et végétales qui trouvent là les conditions nécessaires à leur développement. La diversité des invertébrés marins est exceptionnelle tout comme la diversité algale. Les oiseaux constituent quant à eux le patrimoine remarquable le plus facilement identifiable et observable, et ce toute l'année.